Până a fost hirotonit arhiereu, Preasfințitul Emilian a îndeplinit funcțiile de: Mare Eclesiarh al Mănăstirii Neamț; Preot spiritual al Facultății de Teologie din Iași; Președinte al Consistoriului monahal și Consilier Cultural al Arhiepiscopiei Iașilor; Exarh al mânăstirilor din județul Iași.

În ședința de lucru a Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române din 29 octombrie 2009 a fost ales Episcop vicar al Arhiepiscopiei Râmnicului, cu titlul Lovișteanul. Ceremonia de instalare, oficiată de Preafericitul Părinte Patriarh Daniel, a avut loc în 14 noiembrie 2009, la Catedrala Arhiepiscopală „Sfântul Nicolae” din Râmnicu Vâlcea.

În 4 iulie 2017, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române l-a ales Episcop vicar al Arhiepiscopiei Aradului. Ceremonia de instalare a avut loc în data de 16 iulie la Catedrala „Nașterea Sfântului Ioan Botezătorul” din Arad.