În acest an se vor disputa şi trei etape din retur, după cum urmează:

Etapa 1 – 6 august; Etapa 2 – 13 august; Etapa 3 – 20 august; Etapa 4 – 27 august; Etapa 5 – 31 august; Etapa 6 – 3 septembrie; Etapa 7 – 10 septembrie; Etapa 8 – 17 septembrie; Etapa 9 – 21 septembrie; Etapa 10 – 24 septembrie; Etapa 11 – 1 octombrie; Etapa 12 – 8 octombrie; Etapa 13 – 15 octombrie; Etapa 14 – 22 octombrie; Etapa 15 – 29 octombrie; Etapa 16 – 5 noiembrie; Etapa 17 – 12 noiembrie; Etapa 18 – 19 noiembrie; Etapa 19 – 23 noiembrie; Etapa 20 – 26 noiembrie; Etapa 21 – 3 decembrie; Etapa 22 – 10 decembrie; Etapa 23 – 17 decembrie.

La finalul sezonului 2016-2017, care se va disputa în sistem campionat, fiecare cu fiecare, tur şi retur, fără play-off şi play-out, ocupantele primelor două poziţii vor promova în Liga I. Echipa clasată pe locul al treilea va disputa un baraj în dublă manşă cu ocupanta locului 12 din Liga I (echipa care va termina play-out-ul Ligii I pe antepenultima poziţie). Câştigătoarea acestui baraj va evolua în ediţia 2017-2018 a Ligii I.

În ceea ce priveşte sistemul de retrogradare, din sezonul 2017-2018 vor evolua în Liga 2 doar 20 de echipe. De aceea, la finalul ediţiei de campionat 2016-2017, vor retrograda ocupantele locurilor 16, 17, 18, 19, 20 şi 21.